Uno dei loghi di GNU/Linux
A GNU/Linux sono state rivolte molte e ripetute critiche, più o meno fondate secondo i punti di vista: un esempio è la scarsa disponibilità di programmi applicativi specifici. Oggi però la maggior parte delle applicazioni disponibili per Windows hanno una versione equivalente o analoga per GNU/Linux, spesso gratuita e di buon livello qualitativo. Ciò che ancora manca sono versioni per GNU/Linux dei software commerciali a cui gli utenti di altri sistemi operativi (principalmente Microsoft Windows) sono abituati e a cui non vogliono (o non possono) rinunciare. Per esempio, se molti utenti di Microsoft Office potranno utilizzare senza rimpianti OpenOffice.org, molti grafici professionisti sentono ancora la mancanza di un software del livello di Adobe Photoshop, sebbene per Linux siano disponibili software di buon livello come The GIMP; esistono poi software, come Autocad, dei quali al momento non esistono alternative per GNU/Linux con caratteristiche equivalenti: il progetto Archimedes è partito solo di recente.
Un altro punto è la presunta difficoltà d’uso. Con le versioni più recenti di GNU/Linux l’impiego normale di applicativi appare ormai agevole. Gli utenti inesperti dispongono di interfacce grafiche molto potenti (le più diffuse sono GNOME e KDE) e complete, e non devono ricorrere alla linea di comando (che resta comunque disponibile). Anche l’installazione di pacchetti software, un tempo ostica, oggi è generalmente semplice ed immediata, in alcuni casi ancora più semplice di quella di Windows. Stesso discorso per l’installazione del sistema operativo stesso che, per la maggior parte delle distribuzioni, risulta semplice almeno quanto quella di Windows.
Anche il supporto per l’hardware è ormai più che soddisfacente. In molte distribuzioni, la maggior parte delle periferiche sono riconosciute e configurate automaticamente dal sistema. I problemi maggiori si riscontrano con alcuni modelli di stampanti e con le periferiche più nuove. Quest’ultimo problema è di difficile soluzione, perché può richiedere l’aggiornamento del kernel e/o la compilazione di “driver” (moduli) dai relativi file sorgenti. In questo caso, anche se il produttore avesse rilasciato il driver della periferica, potrebbe essere necessario ricompilare il kernel del sistema operativo o compilare il driver come modulo, oppure attendere il rilascio di una nuova distribuzione o di un kernel precompilato con il supporto per quella periferica già integrato. Per il supporto 3D ad alcune schede video e per far funzionare le schede di rete wireless è spesso inoltre necessario installare driver proprietari, e dunque non verificabili e adattabili dalla comunità per l’assenza del codice sorgente, che potrebbero dunque, potenzialmente, incrementare l’instabilità del sistema. Inoltre, alcune tipologie di periferiche (le più note sono i winmodem) difficilmente potranno essere supportate senza un intervento diretto da parte dei produttori dell’hardware.
Si dice che una delle principali motivazioni che spinge la comunità che sviluppa GNU/Linux sia l’astio nei confronti di Microsoft, in particolare di Windows e Bill Gates. La risposta tipica a questa accusa è che se Windows fosse software libero nessuno avrebbe da ridire, mentre l’attuale condizione di dominio e segretezza ne fa un bersaglio perfetto per la frustrazione degli utenti meno esperti. La maggior parte degli sviluppatori di software libero non prova astio verso Windows, bensì verso la politica monopolista (spesso definita “liberticida”) di Microsoft, mentre Windows è visto principalmente come punto di riferimento per lo sviluppo di nuove funzioni e applicazioni.